Nhiều bằng chứng cho thấy rằng Amenmesse là một đối thủ cùng thời với giai đoạn cai trị của Seti II. Ngôi mộ của Seti KV15 ở Thebes đã bị phá hoại có chủ đích với nhiều khung tên của Seti của bị xóa cẩn thận trong suốt vương triều của ông[2], về sau đó được sửa chữa bởi các bộ hạ của Seti II. Điều này cho thấy rằng vương triều của Seti II ở Thebes đã bị gián đoạn 2 năm bởi sự trỗi dậy của một đối thủ: vua Amenmesse ở Thượng Ai Cập[3].

Thứ hai, học giả Đức Wolfgang Helck đã chỉ ra rằng Amenmesse chỉ được chứng thực ở Thượng Ai Cập trên một số mảnh gốm vào năm 3 và 4. Helck cũng lưu ý rằng không có bất kỳ chứng thực nào vào năm thứ nhất và thứ hai của Amenmesse[4]. Điều này phù hợp với những bằng chứng rõ ràng về sự kiểm soát của Seti II ở Thebes trong hai năm đầu tiên của ông[5].

Thứ ba, là về quan quản đốc Neferhotep, người đã bị giết dưới triều đại của Amenmesse, theo cuộn giấy cói Papyrus Salt 124[6]. Tuy nhiên, Neferhotep cũng xuất hiện trên MMA 14.6.217[7], mảnh gốm vỡ ghi lại sự tái lên ngôi của Seti. Vì vậy thời gian trị vì của 2 người sẽ chồng lấn lên nhau, và đó là khoảng thời gian nổ ra những cuộc chiến tranh giành ngai vàng của 2 vua.

Sau khi tái chiếm được Thebes, Seti đã cho người xóa sạch hoàn toàn mọi bản khắc trên KV10[8], lẽ ra dành cho Amenmesse và hầu hết các bức tượng hay những công trình của ông.